O Tribunal de Justiça da União Europeia condenou Portugal ao pagamento de uma sanção pecuniária diária de 41.250 euros até que seja totalmente executado o acórdão relativo à proteção de áreas naturais. O valor poderá ser reduzido em função dos progressos realizados pelo Estado português no cumprimento das obrigações impostas.
O tribunal considera que a legislação adotada por Portugal continua a ser insuficiente, uma vez que se limita a designar sítios de importância comunitária (SIC) como zonas especiais de conservação (ZEC), sem especificar os tipos de habitats naturais nem as espécies protegidas existentes em cada área.
Segundo o acórdão de 5 de setembro de 2019, Portugal não cumpriu a obrigação de designar como ZEC um total de 61 SIC das regiões biogeográficas atlântica e mediterrânica dentro dos prazos previstos, nem adotou as medidas de conservação necessárias. Perante a falta de execução da decisão, a Comissão Europeia avançou, em setembro de 2024, com uma nova ação por incumprimento e pediu a aplicação de sanções.
A diretiva em causa criou a rede ecológica Rede Natura 2000, considerada a maior do mundo, destinada a garantir a sobrevivência a longo prazo das espécies e habitats mais valiosos e ameaçados da Europa. Esta rede inclui zonas especiais de conservação designadas pelos Estados-membros e áreas de proteção classificadas ao abrigo da Diretiva Aves.